Historia kościoła rektoralnego wiąże się z dziłalnością Charytatywnego Stowarzyszenia Niesienia Pomocy Chorym „Misericordia”, które podjęło inicjatywę utworzenia Ośrodka Profilaktyki i Rehabilitacji Osób z Zaburzeniami Psychicznymi. Z pomocy tej instytucji miałyby korzystać osoby, które po zakończonej hospitalizacji w szpitalu psychiatrycznym podjęłyby terapię i różnorodne formy rehabilitacji. Zakładając, że z ośrodka miałyby korzystać osoby wierzące w obrębie budynku umiejscowiono kaplicę jako miejsce wyciszenia, modlitwy i sprawowania sakramentów. Po dokładnej analizie potrzeb pacjentów szpitala jak również osób korzystających z ośrodka Profilaktyki i Rehabilitacji Osób z Zaburzeniami Psychicznymi powstała potrzeba utworzenia Kościoła Rektoralnego pw. św. Judy Tadeusza.
Kamień węgielny wmurował ks. abp Bolesław Pylak w 1996 r.
Konsekracji dokonał ks. abp Józef Życiński w 1998 r.
W 2013 zostały wykonane witraże do wszystkich okien kościoła. Poświęcił je ks. abp Stanisław Budzik 28 października 2013 r.